Na otázku, co způsobuje hraniční poruchu osobnosti, neexistuje jednoduchá odpověď. Nejde říct, že ji způsobuje konkrétní gen nebo konkrétní zážitek. Pravděpodobně vzniká souhrou vrozené citlivosti a určitého typu prostředí, ve kterém člověk vyrůstal. Citlivější k rozvoji hraniční poruchy osobnosti jsou lidé, kteří jsou přirozeně emotivnější a impulzivnější. Lidé s hraniční poruchou také častěji prožili nepříznivé nebo traumatické události. Častější je například výchova v nefunkční rodině, která zdravému vývoji osobností jedince bránila. Není tomu tak ale vždy.

Je pravda, že je u hraniční poruchy osobnosti vysoká dědičnost. Zatím se ale nenašel žádný „hraniční gen“. To, že je porucha dědičná ještě nemusí znamenat, že má původ v genech. Roli může hrát i tzv. generační trauma. Kromě biologických predispozic dědíme i postoje našich rodičů a můžeme přebírat jejich škodlivé životní strategie. Lidé s hraniční poruchou mohou mít také strukturální změny v mozku, zejména v oblastech souvisejících s kontrolou impulzů nebo regulací emocí. Opět však není jasné, zda jsou tyto změny vrozené, nebo získané v důsledku životních zkušeností.